El Área de Pastoral tiene como objetivo apoyar la dimensión evangelizadora de los centros. Para ello contribuye a la formación teológico-pastoral y la identidad cristiana de la comunidad educativa y su corresponsabilidad en la misión del colegio. Organiza jornadas y actividades formativas.
La Jornada de Pastoral, que se celebra en Navarra desde el año 2006, es la principal actividad organizada por EC-Navarra y que reúne a más de 150 profesoras y profesores en torno a distintos temas relacionados con la misión y actividad pastoral-evangelizadora de nuestros centros.
Se trata, además, de una actividad común a la mayor parte de las sedes autonómicas de EC, lo que le da una dimensión de unidad y comunión fraterna.